El 2 de octubre de 1988 con ocasión de los 300 años del municipio de San Gil, se desarrolló un foro por el desarrollo de la Provincia de Guanentá en el que la comunidad manifestó su anhelo de tener una universidad regional. Una aspiración que se tenía desde 1964 y que no se había logrado consolidar.

La Pastoral Social de la Diócesis de Socorro y San Gil, próxima a cumplir sus cien años, en asocio con ocho organizaciones sociales y cooperativas, se comprometió a sacar adelante el proyecto. Esta nueva institución respondería a las necesidades del recurso humano de diferentes campos del conocimiento como desarrollo agropecuario, empresarial, tecnológico, organizacional, cooperativo y pedagógico.

Luego de tres años de trabajo conjunto y con la visión de construir un modelo de cambio y desarrollo mediante la educación, el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior, ICFES, materializa este objetivo el 18 de octubre de 1991, mediante la Personería Jurídica que avala la creación de la Fundación Universitaria de San Gil, UNISANGIL.

La escritura de constitución de UNISANGIL fue firmada por Monseñor Jorge Leonardo Gómez Serna, Obispo de la Diócesis de Socorro y San Gil; el padre Ramón González Parra, Director de SEPAS; los gerentes de las empresas del sector cooperativo COOPCENTRAL (Darío Benítez), COMERCOOP (Álvaro Argüello Rodríguez), AUDICOOP (Iván Cala Cala), INDECOL (Padre Samuel González Parra), COESCOOP (Ángel María Cuadros) y las organizaciones sindicales y campesinas representadas en EL COMÚN (Miguel Arturo Fajardo Rojas), oficiando como secretario Humberto Gamboa Castellanos.

Dando cumplimiento a su vocación basada en la Economía Solidaria, UNISANGIL ha desempeñado un papel de primer orden en la consolidación de un capital humano integral que le ha permitido trascender fronteras. El 20 de julio de 1992 abrió sus puertas en San Gil. Más tarde, logró expandirse a territorios aledaños como Yopal, Casanare en 1996 y Chiquinquirá, Boyacá en el 2000. Con el inicio del milenio, UNISANGIL firmó la alianza de cooperación con la Universidad Autónoma de Bucaramanga, UNAB, con la que fortaleció su oferta académica para responder a las necesidades y problemáticas de sus zonas de influencia. Desde entonces, mantiene su compromiso con el desarrollo social, económico y ambiental del nororiente colombiano a través de sus programas académicos, de investigación y extensión.