La Estructura Organizacional define la jerarquía, líneas de autoridad y mando, responsabilidades, canales de comunicación que existen a nivel general en la institución.

UNISANGIL ha actualización su estructura organizacional en el 2025 incorporado un estudio riguroso de aspectos importantes como: ajustes en la denominación de algunas dependencias, cargos y de ubicación, reajustes en las actividades que desarrollan las áreas y cargos, niveles de autoridad y mando, roles de orientación y lineamientos en las diferentes dependencias de la sede central, así como la relación de ésta con las demás sedes, lo que permite el logro de los objetivos institucionales y por ende el fortalecimiento de la institución.